LImperatore Federico II di Svezia, il 5 giugno del 1224 fa partire una lettera (generalis lictera) da Siracusa, con la quale designa come sede dello studium generale del regno, proprio la città di Napoli, che comunque già aveva una sua sede di studi molto avanzata.
Nellorganizzazione del regno però Federico II individua a Napoli la sede dove si dovrà provvedere alla formazione del personale burocratico ed amministrativo della curia regis, quindi tutte quelle figure di supporto allamministrazione del regno per ordinare e formare leggi, nasce una delle Facoltà di giurisprudenza tra le più apprezzate del mondo. LAteneo resta, unico, indipendente dal potere pontificio, fino al 1443 allorquando arriva a Napoli la nuova dinastia aragonese di Alfonso il Magnanimo. Ci vorranno però venti anni prima che lAteneo possa ripartire, ne succede una nuova chiusura ed una riapertura nel 1507, periodo nel quale trova ospitalità nel Convento di San Domenico Maggiore dove resta per circa 100 anni, dopo i quali si trasferirà nel Museo Archeologico Nazionale. Il 600 vede la decadenza di quasi tutte le Università europee, Napoli segue la linea e si ha una crescita di scuole private, ecclesiastiche ed accademie che soppiantano gli studi universitari. Bisognerà attendere gli inizi del 1700, allorquando con il governo austriaco vi sarà una rinascita delle attività universitarie, migliorata poi con larrivo dei Borbone. Carlo di Borbone trasferisce la sede nellantico Convento dei Gesuiti, che nel frattempo erano stati espulsi dal Regno. Al momento dellunità dItalia lUniversità napoletana è in forte stato di arretratezza. E ci vorranno gli interventi forti di De Sanctis, Borghi, Coppino per riportare lAteneo napoletano nellalveo della Legge Casati. Oggi i numeri dellAteneo napoletano sono eccellenti, 13 facoltà, 26 scuole di dottorato, 20 centri interdipartimentali di ricerca, 6 centri interdipartimentali di servizio, 9 centri di Ateneo, 2 centri di eccellenza, 2 orti botanici, 85 dipartimenti, circa 97 mila iscritti, ne fanno uno dei centri di studio tra i più importanti dEuropa.